Was du probieren könntest: Falls irgendwelche Mods Configs in dem Save speichern (oder andere Mod-Daten), lösch diese. Dann noch alle Maschinen / Blöcke von nicht in FTB vorhanden Mods löschen, dann geht es vielleicht. Ist aber sehr aufwendig.
Eine vielleicht einfachere Lösung: Versuch mal mit MCEdit den von dir bebauten Teil in eine neue Map zu kopieren.