zu 1.)

Du hast 4 private Warps erstellt. Zwei im End, einen im Nether, einen in der Hauptwelt. Geh in jede Welt und mach jeweils /warp list

zu 2.)

Man kann nicht ins End warpen. Das ist gewollt. Die konkrete Umsetzung ist der Art geschuldet, wie MyWarp verschiedene Welten verwaltet. Früher war es durch die Konfiguration von MyWarp2 möglich, Warps für eine Welt komplett abzustellen. Das war bis zum 1.9 hier auch für End und Nether der Fall.
Jetzt mit MyWarp3 wird nur geregelt, ob IN eine Welt hinein gewarpt darf. Daher kann man vom End IN die Hauptwelt warpen. Weil man von überall her IN die Hauptwelt warpen kann. Auch von der Hauptwelt in die Hauptwelt.
Es wäre mir natürlich möglich, den früheren Zustand für End und Nether wiederherzustellen, indem man den kompletten Zugriff auf Warpkommandos in End und Nether per Permissions unterbindet.

Zusammenfassend:

Es handelt sich um keine Fehler.

Die Fehlermeldungen von MyWarp3 sind derzeit unvollständig, nicht aussagekräftig und könnten verwirrend sein. Unter anderem deswegen habe ich bis zum 1.9 Update auch an MyWarp2 festgehalten.
Letztlich handelt es sich dabei aber um open source Software, so daß jeder sich gerne an der Verbesserung des Plugin beteiligen und bessere Meldungen hineinprogrammieren darf: https://github.com/TheE/MyWarp/wiki
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kaahne - Geistlande Administrator
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